跨地區(qū)經(jīng)營企業(yè)如何確定應(yīng)納稅所得額，需要根據(jù)稅法規(guī)定和實際情況進(jìn)行計算。一般來說，企業(yè)應(yīng)按照稅法規(guī)定的計稅方法和納稅期限，對其跨地區(qū)經(jīng)營所得進(jìn)行計算和申報納稅。

具體來說，企業(yè)應(yīng)按照稅法規(guī)定的計稅方法，先計算出跨地區(qū)經(jīng)營所得的應(yīng)納稅所得額，然后根據(jù)稅率計算出應(yīng)繳納的企業(yè)所得稅。在計算應(yīng)納稅所得額時，企業(yè)需要考慮到各種稅前扣除項目和稅前減免項目，如生產(chǎn)成本、營業(yè)費(fèi)用、研發(fā)費(fèi)用、折舊等，以及享受的稅收優(yōu)惠政策等。

此外，企業(yè)還應(yīng)按照稅法規(guī)定的納稅期限，及時申報和繳納企業(yè)所得稅。如果企業(yè)有跨地區(qū)經(jīng)營所得，還需要按照相關(guān)規(guī)定申報和繳納地方稅收，如地方教育附加稅、地方水利建設(shè)基金等。

總之，跨地區(qū)經(jīng)營企業(yè)應(yīng)根據(jù)稅法規(guī)定和實際情況，合理計算和申報應(yīng)納稅所得額，及時繳納企業(yè)所得稅和地方稅收，遵守稅法規(guī)定，維護(hù)自身合法權(quán)益。