房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算時，對于成本費用未取得合法有效憑證，或未支付款項的，一般不允許扣除。清算完成后再取得合法有效憑證或支付款項的，可以進行“二次清算”重新調(diào)整稅額嗎？

《國家稅務總局關于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）、《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）以及《國家稅務總局關于印發(fā)<土地增值稅清算管理規(guī)程>的通知》（國稅發(fā)〔2009〕91號）等土地增值稅清算相關文件都沒有提及，根據(jù)《中華人民共和國稅收征收管理法》第五十一條規(guī)定，納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發(fā)現(xiàn)后應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起三年內(nèi)發(fā)現(xiàn)的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實后應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規(guī)有關國庫管理的規(guī)定退還。

實務中，部分稅務機關發(fā)文明確土地增值稅清算完成后，符合條件的可以“二次清算”。如北京、重慶、河北、廣西、湖北、山東、青島、內(nèi)蒙古、浙江等稅務局。沒有發(fā)文的地方，土地增值稅清算后取得合法有效憑證或支付款項的，建議與主管稅務機關溝通確認。

一、北京稅務

 《北京市地方稅務局關于土地增值稅清算管理若干問題的通知》（京地稅地〔2007〕25號）

五、納稅人在項目完成清算后繼續(xù)支付并取得合法有效憑證的成本和費用，主管稅務機關可根據(jù)實際情況重新調(diào)整扣除項目金額，但原則上應在項目全部銷售完畢時進行調(diào)整。

二、重慶稅務

《重慶市地方稅務局關于土地增值稅若干政策執(zhí)行問題的公告》（重慶市地方稅務局公告2014年第9號）

一、房地產(chǎn)項目清算有關規(guī)定

（五）查賬征收清算后轉(zhuǎn)讓房產(chǎn)

2．清算時因未取得合法有效憑證，而未能認定的成本項目（簡稱未定成本項目），清算后取得合法有效憑證的，應分房產(chǎn)類型歸集“后續(xù)成本額”，可在計算當期清算后轉(zhuǎn)讓房產(chǎn)應納稅額時后續(xù)扣除，公式如下：

單位建筑面積成本費用額=清算認定（或上期累計）“單位建筑面積成本費用額”+本期“后續(xù)成本額”÷清算可售建筑面積

清算后轉(zhuǎn)讓扣除額=單位建筑面積成本費用額×本期轉(zhuǎn)讓面積+本期轉(zhuǎn)讓房產(chǎn)有關稅金及附加

納稅人在清算申報時應對“未定成本項目”進行附加說明，主管稅務機關在清算審核時一并核實確認，否則相關成本不予以后續(xù)扣除。

三、河北稅務

2014年《河北省地方稅務局關于對地方稅有關業(yè)務問題的解答》

七、已竣工項目，但未最終決算，未支付的工程價款，以后取得發(fā)票，還允許扣除嗎？是否可以在取得合法憑證后進行補充清算？

在土地增值稅清算中，其實際發(fā)生的支出應當取得但未取得合法憑據(jù)的不得扣除。對個別企業(yè)因暫時困難未支付應扣除項目的工程費用的情形，在清算完成后三年內(nèi)取得合法有效票據(jù)的，企業(yè)可申請對該項目重新清算。

四、廣西稅務

《廣西壯族自治區(qū)地方稅務局關于發(fā)布<廣西壯族自治區(qū)房地產(chǎn)開發(fā)項目土地增值稅管理辦法（試行）>的公告》（廣西壯族自治區(qū)地方稅務局公告2018年第1號）

第五十六條 因下列原因，納稅人自收到清算審核結果之日起三年內(nèi)發(fā)現(xiàn)多繳稅款的，可以向主管稅務機關要求退還，主管稅務機關應當自接到納稅人書面退還申請之日起30日內(nèi)核查,對查實的事項應予以追溯調(diào)整，涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規(guī)有關國庫管理的規(guī)定退還。

（一）清算時應取得但未取得合法有效憑證，清算后取得的。

（二）清算時應實際支付但未實際支付的款項，清算后實際支付的。

（三）清算時應分攤但實際未能分攤的共同的成本費用，清算后能夠按照受益對象、采用合理的分配方法分攤的。

（四）其他合法合理原因。

五、湖北稅務

《國家稅務總局湖北省稅務局財產(chǎn)和行為稅處關于印發(fā)<土地增值稅征管工作指引(試行)>的通知》（鄂稅財行便函〔2021〕9號）

第三十九條 納稅人符合清算條件并進行土地增值稅清算后，繼續(xù)支付并取得合法、有效憑證的支出，可申請二次清算，但必須是所有成本、費用已全部發(fā)生完畢。主管稅務機關可根據(jù)實際情況重新調(diào)整扣除項目金額并調(diào)整應納土地增值稅稅額。二次清算后，納稅人不得再要求進行土地增值稅清算。

六、山東稅務

《國家稅務總局山東省稅務局關于發(fā)布<國家稅務總局山東省稅務局土地增值稅清算管理辦法>的公告》（國家稅務總局山東省稅務局公告2022年第10號）

第四十二條 房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)自結算繳納土地增值稅清算稅款之日起三年內(nèi)發(fā)生下列情形之一的，可向主管稅務機關一次性提出申請，調(diào)整清算稅額，退還多繳的土地增值稅稅款：

（一）清算時未取得合法有效憑證而在清算后取得的；

（二）清算時未支付款項而在清算后支付的；

（三）清算時應當分攤但實際未能分攤的共同的成本費用，清算后能夠按照受益對象、采用合理的分配方法分攤的

七、青島稅務

    《國家稅務總局青島市稅務局關于發(fā)布<國家稅務總局青島市稅務局房地產(chǎn)開發(fā)項目土地增值稅清算管理辦法>的公告》（國家稅務總局青島市稅務局公告2022年第6號）

第三十五條 符合下列情形之一的，開發(fā)企業(yè)可在收到清算審核結論之日起三年內(nèi)，申請調(diào)整土地增值稅清算審核結果：

(一)清算時未取得合法有效憑證而在清算后取得的;

(二)清算時未支付款項而在清算后支付的;

(三)因分期開發(fā)，在清算時應分攤的成本費用未能分攤的。

八、內(nèi)蒙古稅務

《國家稅務總局內(nèi)蒙古自治區(qū)稅務局關于發(fā)布<內(nèi)蒙古自治區(qū)土地增值稅清算管理辦法>的公告》（國家稅務總局內(nèi)蒙古自治區(qū)稅務局公告2023年第7號）

第四十八條 自主管稅務機關送達稅務審核結論之日起三年內(nèi)發(fā)生下列情形之一的，納稅人可一次性提出申請，調(diào)整清算稅額，退還多繳的土地增值稅稅款： 

（一）清算時未取得合法有效憑證而在清算后取得的；

（二）清算時未支付款項而在清算后支付的；

（三）清算時未能分攤的共同成本費用，清算后能夠采用合理方法分攤的。

九、浙江稅務

《國家稅務總局浙江省稅務局關于土地增值稅征收管理若干問題的公告》（國家稅務總局浙江省稅務局公告2024年第2號）

二、清算審核

（三）主管稅務機關以納稅人提供的清算資料為依據(jù)出具的清算審核結論，原則上不再調(diào)整。

1.本公告發(fā)布之日起發(fā)出清算審核結論通知書的項目，符合下列情形之一的，自清算審核結論通知書送達之日起36個月內(nèi)，納稅人可以書面申請調(diào)整重新計算土地增值稅清算稅額：一是清算時已支付可扣除款項但未取得合法有效憑證，在清算后取得的；二是清算時未支付可扣除款項，在清算后支付，并已取得合法有效憑證的。

2.納稅人符合上述情形擬申請調(diào)整清算稅額的，應當在清算審核期間出具專項報告，并報送主管稅務機關確認。未經(jīng)主管稅務機關確認的，后續(xù)不予受理調(diào)整申請。對同一個清算單位申請調(diào)整清算稅額只允許一次。

3.主管稅務機關應自受理納稅人書面申請之日起90日內(nèi)完成調(diào)整審核。調(diào)整清算稅額時，不得改變原清算單位、征收方式和成本費用分攤方法。

（四）經(jīng)清算稅額調(diào)整的項目，其自首次清算審核結束和調(diào)整審核結束期間已發(fā)生的尾盤申報稅額允許同步調(diào)整。

（五）上述調(diào)整稅額涉及補、退稅的，按照《中華人民共和國稅收征收管理法》的有關規(guī)定處理。