自然人獨(dú)資有限公司是指由自然人投資設(shè)立的有限責(zé)任公司，其所有者為自然人，公司獨(dú)立承擔(dān)債務(wù)，所有者對(duì)公司的債務(wù)承擔(dān)有限責(zé)任。根據(jù)國家稅務(wù)總局的規(guī)定，自然人獨(dú)資有限公司應(yīng)當(dāng)按照增值稅一般納稅人的規(guī)定繳納增值稅。

自然人獨(dú)資有限公司的納稅人身份是企業(yè)，其從事的經(jīng)營活動(dòng)符合增值稅的征稅范圍，應(yīng)當(dāng)按照國家有關(guān)規(guī)定繳納增值稅。自然人獨(dú)資有限公司的增值稅納稅方式主要有兩種：一是一般納稅人，二是小規(guī)模納稅人。

一般納稅人是指年銷售額超過500萬元的企業(yè)，其應(yīng)當(dāng)按照增值稅一般納稅人的規(guī)定進(jìn)行納稅。小規(guī)模納稅人是指年銷售額不超過500萬元的企業(yè)，其可以選擇按照增值稅小規(guī)模納稅人的規(guī)定進(jìn)行納稅。

因此，自然人獨(dú)資有限公司應(yīng)當(dāng)按照國家有關(guān)規(guī)定繳納增值稅，具體納稅方式可以根據(jù)企業(yè)的實(shí)際情況選擇一般納稅人或小規(guī)模納稅人。