保險公司賠償款的會計分錄應該在記賬憑證中記錄，然后根據不同的情況，分別記錄在不同的賬簿中。

如果保險公司賠償款是針對公司的固定資產的損失進行的賠償，那么應該在固定資產賬簿中記錄。具體的會計分錄為：

借：固定資產賬戶
貸：保險公司賠償款賬戶

如果保險公司賠償款是針對公司的庫存商品的損失進行的賠償，那么應該在存貨賬簿中記錄。具體的會計分錄為：

借：存貨賬戶
貸：保險公司賠償款賬戶

如果保險公司賠償款是針對公司的應收賬款的損失進行的賠償，那么應該在應收賬款賬簿中記錄。具體的會計分錄為：

借：應收賬款賬戶
貸：保險公司賠償款賬戶

總之，根據具體的情況，將保險公司賠償款的會計分錄記錄在相應的賬簿中。