根據中國稅法，個人所得稅的計算方法為：

應納個人所得稅 = 應納稅所得額 × 稅率 - 速算扣除數

其中，應納稅所得額是指一個納稅人在一個納稅年度內所得的全部收入減去各種減除費用后的余額。稅率和速算扣除數則是根據應納稅所得額的不同檔次而定的。

對于工資收入，應納稅所得額的計算方法為：

應納稅所得額 = 工資收入 - 個人社保公積金繳納金額 - 5000元的起征點

其中，個人社保公積金繳納金額是指個人在一個納稅年度內繳納的社會保險費和住房公積金的總額。起征點是指個人所得稅法規(guī)定的免征額度，目前為5000元。

根據題目所給的信息，工資為12000元，假設個人社保公積金繳納金額為3000元，則應納稅所得額為：

應納稅所得額 = 12000 - 3000 - 5000 = 4000元

根據中國稅法，應納稅所得額在4000元以下的，稅率為3%，速算扣除數為0元。因此，該納稅人應繳納的個人所得稅為：

個人所得稅 = 4000 × 3% - 0 = 120元

因此，工資為12000元、個人社保公積金繳納金額為3000元的納稅人應繳納的個人所得稅為120元。