如果在會計實務中設置二級科目錯誤，可以按照以下步驟進行處理：
1. 確認錯誤的具體情況：需要明確錯誤的二級科目名稱、設置的科目類別、科目編碼等信息，以便下一步進行修改。
2. 修改二級科目設置：根據錯誤情況，可以在會計軟件中進行修改，或者手動調整會計科目表格中的錯誤信息。
3. 調整相關憑證：如果已經有相關的憑證，需要進行相應的調整，將錯誤的二級科目替換為正確的科目，確保會計賬簿的準確性。
4. 審核修改結果：對修改后的二級科目進行審核，檢查是否存在其他錯誤或遺漏，確保會計科目表格的正確性。

需要注意的是，在進行二級科目設置錯誤的處理過程中，需要保證會計賬簿的準確性和完整性，避免對企業(yè)的財務狀況產生不良影響。同時，建議在日常會計實務中加強對會計科目設置的管理和審核，避免出現類似的錯誤。