根據情況描述，運輸公司收到客戶的貨款，應該進行以下會計分錄：
1. 收到客戶貨款的現金情況下，會計分錄如下：
   借：現金賬戶
   貸：應收賬款
2. 收到客戶貨款的銀行轉賬情況下，會計分錄如下：
   借：銀行存款賬戶
   貸：應收賬款

需要注意的是，以上分錄是基于收到貨款的情況，如果運輸公司是提供服務后再收款的話，應該先進行服務收入的會計分錄，然后再進行收款的會計分錄。具體分錄會根據公司的會計政策和會計準則的要求而有所不同，建議根據具體情況咨詢會計專業(yè)人士或參考相關會計準則進行處理。