如果辦理匯總納稅是不是就可以抵扣了？

可以 做合并報表可以抵消。

請問這個怎么做抵消分錄呢？

你好，總公司借銀行存款 貸其他業(yè)務收入 應交稅費， 分公司借管理費用貸銀行存款 合并報表，這個管理費用和其他業(yè)務收入抵扣。