自然人代開運輸發(fā)票，大部分情況下，是免稅的。根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八十八條規(guī)定，貨物運輸發(fā)票，由自然人代開的，應不征收增值稅，但僅限于貨物運輸時由自然人代開的發(fā)票，發(fā)票上要注明“貨物運輸發(fā)票”字樣，且發(fā)票中的設備應有明確的運輸去向，并需佐以相關物流證明文件，如貨運單等，才能確保其免稅資格。此外，如果是貨物運費發(fā)票，還需要向稅務機關申報，并參加國家有關政策性抵扣，例如文化產(chǎn)品運輸服務費抵扣，才能得到免稅處理。 拓展知識：自然人代開發(fā)票有一些必須注意的事項： 1、自然人要辦理企業(yè)所得稅稅籍登記，并在稅務部門辦理發(fā)票管理； 2、代開發(fā)票的自然人要完成各項審核登記，發(fā)票紙和格式也必須滿足稅務機關的要求； 3、自然人準備充足的發(fā)票單據(jù)，每張發(fā)票必須有清楚的發(fā)票編號、發(fā)票金額、增值稅稅率、核算金額等，以便稅務機關進行審查； 4、發(fā)票不得有任何偽造、變造，或者對稅收免征范圍以外的業(yè)務冒用發(fā)票名義； 5、自然人代開發(fā)票的同時，要嚴格完成稅務信息的申報和納稅義務的履行。