是的，抵扣的增值稅在企業(yè)所得稅應納稅額中不得進行扣除。抵扣的增值稅主要是指企業(yè)的進項稅額，包括購買原材料、向供應商和勞務商付款所產(chǎn)生的稅費，在根據(jù)有關稅收管理規(guī)定，從增值稅申報的稅款中抵扣的稅費。根據(jù)《企業(yè)所得稅法》規(guī)定，企業(yè)的收入和費用項應當按賬面價值計算，不得有抵扣項目，因此，抵扣的增值稅不應當被計入企業(yè)所得稅應納稅額中。拓展知識：抵扣增值稅原則上是企業(yè)在已經(jīng)交納過的稅款中進行抵扣，減少企業(yè)本次稅費，但由于存在企業(yè)惡意逃稅等情況，對其嚴格管理，目前在抵扣增值稅方面均要求企業(yè)按照真實情況及時申報，確保增值稅的有效管理。