根據(jù)《增值稅暫行條例》，企業(yè)應納稅額合計超過稅務機關核定的本期免稅額的，應減去本期免稅額，計算應納稅額，并繳納相應稅款。 在此情況下，應該按照《增值稅暫行條例》規(guī)定，該企業(yè)應當繳納本期增值稅期末留底稅款5萬元，不繳納增值稅附加稅。此外，按照《增值稅暫行條例》規(guī)定，當期應納稅額與本期免稅額的差值小于本期增值稅期末留底稅款時，系統(tǒng)復核后，應有退稅額會變成0，所以上述情況下，應退稅額被抹去，變成0元。 拓展知識： 《增值稅暫行條例》規(guī)定，本期增值稅期末留底稅款是指，企業(yè)當期計算的應納稅額與免稅額的差額，系統(tǒng)計算后報送給稅務機關報扣稅款，以此確保企業(yè)合理完繳納稅款。期末留底不可以抵扣下期應納稅額，也不可以上報行業(yè)專項附加稅科目進行抵扣，需要企業(yè)本期完成繳納。