在這種情況下，公司最好提供給這位員工一份發(fā)票，記錄該員工已經(jīng)支付了100萬人民幣的其他應(yīng)收款，并做貸項憑證，該發(fā)票需要員工的認可，或者簽字確認，給他支付一份費用。同時，公司應(yīng)當在記帳上將員工的其他應(yīng)收款沖掉，直接將應(yīng)收款金額從私戶中扣款，以免影響賬戶的正確性和準確性，使公司能夠準確反映財務(wù)狀況。另外，公司還可以采取必要的措施，保留有關(guān)財務(wù)數(shù)據(jù)的完整性，以便隨時做出準確的財務(wù)處理。