善意取得虛開發(fā)票的處理，一般要按照國家規(guī)定的流程進行處理。首先，商家需要核實其發(fā)票內(nèi)容，如果確認其發(fā)票是虛開的，需要立即向稅務(wù)機關(guān)申報虛開發(fā)票，并且負責相關(guān)違法行為。 其次，商家需要向相關(guān)部門申報納稅，提供虛開發(fā)票的相關(guān)證明，如果拒絕納稅，可能會受到處罰。最后，商家要提供與發(fā)票的相關(guān)證明，并上報稅務(wù)機關(guān)以作為發(fā)票審核的證據(jù)。 另外，在拓展知識方面，虛開發(fā)票是指為做虛假發(fā)票而利用現(xiàn)有發(fā)票經(jīng)常存在的現(xiàn)象，這會導(dǎo)致增值稅、企業(yè)所得稅等損失。因此，對于善意取得虛開發(fā)票，商家要及時向稅務(wù)機關(guān)申報，并做好相關(guān)手續(xù)處理，以保障自身的權(quán)益不受侵害。