對于公司承包合作社的經(jīng)營權(quán)，并付款的情況，雙方會計(jì)科目的處理方式如下： 1、承包方可以將承包費(fèi)分為以下科目：承包費(fèi)收入、資產(chǎn)負(fù)債表中短期借款（或應(yīng)付賬款）； 2、被承包方則可以將承包費(fèi)收入分為以下科目：營業(yè)收入、資產(chǎn)負(fù)債表中短期借款（或應(yīng)收帳款）； 3、雙方應(yīng)開具發(fā)票、收據(jù)或增值稅專用發(fā)票來記錄有關(guān)收支，以便進(jìn)行報(bào)稅。 此外，雙方可以簽訂合同來記錄承包費(fèi)的付款和收款細(xì)節(jié)，以便更加充分的記錄承包細(xì)節(jié)，以及方便今后雙方的付款結(jié)算等。合同內(nèi)容應(yīng)詳細(xì)說明，包括具體的金額、支付時間，以及記賬方式等。