如果分公司和總公司在同一個(gè)市，所開的專用發(fā)票可以由總公司抵扣。這是因?yàn)楦鶕?jù)《中華人民共和國(guó)發(fā)票管理?xiàng)l例》，企業(yè)從事營(yíng)業(yè)活動(dòng)的單位，可以在銷售貨物或者提供服務(wù)的銷貨單位的發(fā)票上開具發(fā)票，且當(dāng)發(fā)票作為購(gòu)買貨物、支付服務(wù)費(fèi)等抵扣稅費(fèi)的憑證時(shí)，用戶可以根據(jù)實(shí)際情況，由總公司或者分公司發(fā)票作為抵扣稅費(fèi)的憑證。所以，在分公司和總公司在同一個(gè)市，總公司也可以使用分公司開具的專用發(fā)票進(jìn)行抵扣稅費(fèi)。