是的，專管員可以選擇不同意企業(yè)申請的退稅申請。首先，專管員應檢查企業(yè)申請退稅的上述材料是否規(guī)范完整。如果不同意，可以要求企業(yè)改正內(nèi)容，再次提交申請材料。其次，專管員應當依據(jù)財政部關(guān)于個稅退稅的若干規(guī)定，仔細核查企業(yè)申請退稅的資料，以確保企業(yè)有權(quán)申請退稅。如果專管員對申請的資料有疑問，則可以要求企業(yè)把相關(guān)賬務憑證書給查賬核實。如果申請退稅有關(guān)的賬務憑證不全或賬務憑證存在虛假等情況，專管員可以選擇不同意企業(yè)申請的退稅申請。拓展知識：個稅退稅具有特殊性，無論是申請退稅的企業(yè)還是專管員，都應該認真履行職責，遵守相關(guān)的規(guī)定，嚴格把控，以免出現(xiàn)問題，損害國家利益。