可以扣除分包款，但是需要遵守稅法規(guī)定，比如在跨地區(qū)設立的項目當地應當設立辦事機構，并辦理納稅登記等，才可以扣除分包款。另外，還要提交相關的申報文件，以及及時報送申報表格，以便公司審核，確?？鄢职畹暮戏ㄐ?。