小規(guī)模納稅人在稅務(wù)局代開專票稅率是1％。根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于小規(guī)模納稅人普通發(fā)票、增值稅專用發(fā)票開具有關(guān)政策的公告》（國家稅務(wù)總局令第50號(hào)）規(guī)定，小規(guī)模納稅人憑增值稅專用發(fā)票進(jìn)行開具的，征收稅率為1％，小規(guī)模納稅人在稅務(wù)局代開專票也以1％的稅率進(jìn)行征稅。