增值稅專用發(fā)票兩聯(lián)丟失的情況下，若該發(fā)票確定的納稅義務(wù)已經(jīng)履行，依據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)票抵扣增值稅問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告〔2004〕９８號）第三條規(guī)定，納稅人可以憑借如下證據(jù)申請發(fā)票抵扣： 1、原發(fā)票兩聯(lián)丟失，由機(jī)構(gòu)收發(fā)票的登記證明； 2、抵扣發(fā)票與納稅義務(wù)一起履行的確認(rèn)函； 3、增值稅納稅申報表； 4、購買方的銀行存單、支付憑證； 5、增值稅發(fā)票代替完整發(fā)票的申請書； 6、發(fā)票補(bǔ)開的申請書。 可以看出，增值稅專用發(fā)票兩聯(lián)丟失的情況下，不能單憑發(fā)票抵扣，納稅人應(yīng)該提供其他證據(jù)來證明已經(jīng)履行了納稅義務(wù)，以便稅務(wù)機(jī)關(guān)審核發(fā)票抵扣申請。 拓展知識：為了防止發(fā)票被利用于洗錢、投機(jī)等不正當(dāng)用途，我國規(guī)定，平臺式電子發(fā)票的發(fā)票開具、抵扣、作廢及查驗等活動，要遵守信息安全技術(shù)控制規(guī)范和多層次安全控制、數(shù)據(jù)完整性和可信賴性保護(hù)、發(fā)票信息實時傳輸確認(rèn)等要求，實現(xiàn)發(fā)票信息真實有效、安全可靠的使用。