甲乙雙方可以根據(jù)具體情況來處理該付款。綜合法律法規(guī)及有關協(xié)議要求，雙方可以相互協(xié)商，確定是將之前甲方預付的款項交回甲方進行退款，或者將款項轉(zhuǎn)移到乙方，繼續(xù)支付合同中未付款項。如果具體合同另有規(guī)定，也可以根據(jù)合同規(guī)定進行處理。例如，在某些合同中有明確的“變更”條款，允許約定甲方的財務義務（如付款、擔保義務或抵押權）轉(zhuǎn)移至乙方，因此，在本案中，甲乙雙方可以按照該條款，將甲方的40%預付款轉(zhuǎn)移到乙方，以允許乙方繼續(xù)支付未付款項。