中小企業(yè)納稅自查方法有： 一、落實重要稅收記賬：嚴(yán)格遵守稅收會計準(zhǔn)則，細(xì)致的記錄每一筆收入支出，把握稅收收入和支出的賬務(wù)清晰明確； 二、重視時間：建立良好的稅收管理制度，掌握稅收繳納及所得稅申報時間表，合理安排稅收申報時間； 三、把握準(zhǔn)確稅種：熟悉常見的稅種，把握準(zhǔn)確的稅種； 四、做好完整記錄：有效的記錄收入、支出、稅收相關(guān)文件，充分保存有效憑證，以備稅務(wù)審計用； 五、注意收入結(jié)構(gòu)：合理的管控企業(yè)的稅收負(fù)擔(dān)，減少負(fù)稅收，平衡負(fù)稅收和正稅收，全面把握稅收收入結(jié)構(gòu)。 拓展知識：中小企業(yè)納稅自查還要注意企業(yè)勾稽關(guān)系，勾稽關(guān)系指在不同企業(yè)之間，一方企業(yè)與另一方企業(yè)有融資、關(guān)聯(lián)交易、委托代理等活動，所以要注意從業(yè)務(wù)上合理控制勾稽關(guān)系，有效防范稅收風(fēng)險。