綜合性方案通常是建立在控制預期有效的基礎上，此時控制測試+實質(zhì)性程序結合實施。而實質(zhì)性方案，是以實質(zhì)性程序為主，不做或少做控制測試。在控制預期有效時，綜合性方案更符合成本效益原則。當控制預期無效或者認為綜合性方案不符合成本效益（如對應的交易量很小，此時只實施實質(zhì)性程序成本比較低）時，可以采用實質(zhì)性方案。實質(zhì)性方案檢查的更細致，獲取的證據(jù)更準確，但是可能成本較高