在這種情況下，可以記入“專項應付款”科目。這是因為專項債券資金通常會記入財政部門的資金籌集科目，具體來說是“應付國債-專項債”科目，這是一種負債科目。當公司收到專項債券資金時，需要在財政部門的資金籌集科目中記入應付國債-專項債科目，同時在資產方面記入專項資金等科目。 如果公司為項目支付的資金是由其他單位使用并負責還本付息，那么公司實際上是將專項債券資金轉借給了其他單位使用。因此，公司可以將支付的資金記入“專項應付款”科目，以反映公司與其他單位之間的債務關系。