實行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法的納稅人，購進農產品不再憑增值稅扣除憑證（如農產品收購發(fā)票、銷售發(fā)票等）抵扣增值稅進項稅額。 這種情況下，不是按照傳統(tǒng)的憑借購進時的相關憑據（收購發(fā)票、銷售發(fā)票等）來直接計算抵扣進項稅額。而是根據財稅[2012]38 號文件規(guī)定的核定扣除辦法來確定進項稅額。 核定扣除辦法通常是根據投入產出法、成本法、參照法等方法，結合企業(yè)生產銷售產品的實際情況，按照一定的公式和標準來計算可抵扣的進項稅額。 例如投入產出法，當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額 = 當期農產品耗用數量×農產品平均購買單價×扣除率÷（1＋扣除率），其中當期農產品耗用數量 = 當期銷售貨物數量（不含采購除農產品以外的半成品生產的貨物數量）×農產品單耗數量等。