如果廣東公司已經(jīng)支付了貨款，但發(fā)票開具方為深圳公司，且兩家公司并非總分公司關(guān)系，那么理論上來說，廣東公司需要先讓深圳公司退款，然后再由深圳公司重新支付貨款。 然而，在實際操作中，可能存在一些變通的方法。以下是幾種可能的處理方式： 1.協(xié)商解決：廣東公司和深圳公司可以協(xié)商解決此事。例如，深圳公司可以向廣東公司提供相應(yīng)的發(fā)票和付款證明，廣東公司則可以向深圳公司出具收據(jù)或協(xié)議書，以證明已經(jīng)支付了貨款。 2.第三方平臺：如果兩家公司之間存在信任問題或者協(xié)商未果，可以考慮使用第三方平臺來進行交易。例如，可以使用支付寶、**支付等第三方支付平臺，以確保交易的安全性和合法性。 3.銀行轉(zhuǎn)賬：廣東公司和深圳公司也可以通過銀行轉(zhuǎn)賬的方式進行交易。這種方式需要雙方公司在銀行開設(shè)賬戶，并且需要按照銀行的規(guī)定進行轉(zhuǎn)賬操作。