你公司作為農(nóng)產(chǎn)品初加工企業(yè)，收到合作社開具的稅率為 1% 的農(nóng)產(chǎn)品普通發(fā)票，不能抵扣 9%. 根據(jù)《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于簡并增值稅稅率有關(guān)政策的通知》（財稅〔2017〕37 號）等文件規(guī)定，一般納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品，只有從依照 3% 征收率計算繳納增值稅的小規(guī)模納稅人取得增值稅專用發(fā)票時，才能以增值稅專用發(fā)票上注明的金額和 9% 的扣除率計算進項稅額.