個人所得稅年度匯算清繳的計算方法和公式如下：
1. 計算應納稅所得額
應納稅所得額 = 年度收入總額 - 個人所得稅起征點（目前為5000元）
2. 計算應納稅額

應納稅額 = 應納稅所得額 × 稅率 - 速算扣除數(shù)

其中，稅率和速算扣除數(shù)根據(jù)稅法規(guī)定的稅率表和速算扣除表進行計算。
3. 計算已繳納的個人所得稅
已繳納的個人所得稅包括工資、獎金、稿酬等所扣繳的個人所得稅和自行申報的個人所得稅。
4. 計算應補（退）稅額

應補（退）稅額 = 應納稅額 - 已繳納的個人所得稅

如果應補稅額為正數(shù)，代表需要繳納個人所得稅；如果應補稅額為負數(shù)，代表可以退還個人所得稅。

以上就是個人所得稅年度匯算清繳的計算方法和公式。