如果工程施工企業(yè)面臨開票收入和按完工百分比確認收入有差異的情況，可以從以下幾個方面入手： 首先，企業(yè)需要仔細審核收入，確認是否存在哪部分未被開出發(fā)票，大約估算未開出發(fā)票的收入，從而更加準確地了解收入情況。 其次，企業(yè)需要合理擬定工程完工及確認的收入。必要時可以參考歷史收入，同時相比上水平的可靠計算，得出客觀合理的工程完工及確認收入比例。 最后，企業(yè)還要對工程完工情況進行詳盡的記錄，及時開具發(fā)票，確保工程收入的有效性。 總之，開票收入和按完工百分比確認收入有差異的情況可以從審核收入、擬定收入比例、及時開具發(fā)票三個方面入手。 拓展知識：此外，企業(yè)在工程進行中，還可以盡可能確保收款更有效，盡量避免收款不及時或者不全額而導致收入受損。