個人獨資企業(yè)購買股權時發(fā)生的200萬元咨詢費，可以在納稅時予以免稅扣除。根據(jù)《中華人民共和國個人所得稅法》（以下簡稱個稅法）第十八條，個人支付的物品和服務的費用，可以在生產(chǎn)經(jīng)營收入的稅前列支中予以免稅扣除，所以，200萬元咨詢費可以稅前列支，即可以從個人獨資企業(yè)發(fā)生的500萬元股權購買費用中扣除，最終個稅繳納基數(shù)是244萬元。 而拓展知識，除了個稅可以予以免稅扣除外，還可以以其他方式來緩解稅收負擔，比如借貸融資。根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》（以下簡稱企業(yè)稅法）第一十三條，企業(yè)支付給境外的借貸融資利息的，在計算當期所得稅額時可以予以減除。