如果員工（農(nóng)民工）的個(gè)稅匯算清繳不配合做，最好的處理方式是采取措施勸和、教育以及懲戒等多種形式的并重措施，并與員工（農(nóng)民工）締結(jié)協(xié)議，確保他們能夠按時(shí)足額繳納個(gè)人所得稅。首先，要督促員工（農(nóng)民工）依據(jù)有關(guān)規(guī)定按時(shí)申報(bào)、繳納個(gè)人所得稅，并盡快補(bǔ)齊稅款。其次，要嚴(yán)格執(zhí)行稅務(wù)行政處罰規(guī)定，對(duì)拒不繳納稅款或者繳納不足的，依法給予稅收處罰。最后，要實(shí)行記錄繳納個(gè)人所得稅情況的管理制度，規(guī)范和完善繳納個(gè)人所得稅規(guī)定，以免發(fā)生違約現(xiàn)象。 拓展知識(shí)：根據(jù)《企業(yè)所得稅法》的規(guī)定，企業(yè)應(yīng)當(dāng)給予個(gè)人所得稅補(bǔ)貼，在未達(dá)到企業(yè)應(yīng)繳納的稅額時(shí)，居民應(yīng)當(dāng)繳納剩余的部分。此外，根據(jù)《稅收征管法》的規(guī)定，企業(yè)要承擔(dān)繳納員工個(gè)人所得稅的責(zé)任，并且在稅務(wù)機(jī)關(guān)收繳當(dāng)期應(yīng)納稅款未達(dá)規(guī)定數(shù)額時(shí)，企業(yè)可以代扣代繳職工個(gè)人應(yīng)繳稅款。