有一家工程，屬于個人獨資企業(yè)，公司注冊地在A市 B縣，施工地在C市D鎮(zhèn)，6月開了一張專票，未在C市辦理預繳增值稅，也未辦理外管證，稅費已經(jīng)在B縣繳納，現(xiàn)在C市通知要先在C市辦理預繳，請問現(xiàn)在補辦外管證，還能去補報C市6月的預繳嗎，辦理得的話，會影響在B縣辦理退稅嗎