親愛的學(xué)員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復(fù)如下：

問題1：教育公司是否適用財(cái)稅〔2004〕39號免稅政策

政策核心要件：財(cái)稅〔2004〕39號中“企業(yè)辦的各類學(xué)校自用的房產(chǎn)、土地”免稅，強(qiáng)調(diào)房產(chǎn)、土地由學(xué)?！白杂谩?，即產(chǎn)權(quán)或?qū)嶋H使用主體需與“學(xué)校自用”對應(yīng)。

本案關(guān)鍵：學(xué)校是民辦非營利性高校，但房產(chǎn)、土地產(chǎn)權(quán)在教育公司名下，未轉(zhuǎn)移至學(xué)校。稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)定“產(chǎn)權(quán)主體與政策適用主體（學(xué)校）不一致”，因此教育公司不能直接適用該政策享受免稅。

結(jié)論：按現(xiàn)有產(chǎn)權(quán)登記，教育公司不滿足“學(xué)校自用房產(chǎn)、土地”的形式要件，需推動產(chǎn)權(quán)調(diào)整（如將產(chǎn)權(quán)過戶至學(xué)校）或爭取地方稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)可“實(shí)質(zhì)自用”（實(shí)務(wù)中較難，因政策強(qiáng)調(diào)產(chǎn)權(quán)/自用主體關(guān)聯(lián)）。

問題2：無租使用協(xié)議下的房產(chǎn)稅繳納

政策依據(jù)：無租使用其他單位房產(chǎn)的，使用人（學(xué)校）為房產(chǎn)稅納稅人（財(cái)稅〔2009〕128號），但需結(jié)合“免稅單位”身份判斷。

本案分析：

教育公司無租給學(xué)校使用，若學(xué)校屬于“免稅單位”（問題3分析），則學(xué)校自用房產(chǎn)可免房產(chǎn)稅；

若學(xué)校不滿足免稅條件，學(xué)校作為使用人需按房產(chǎn)余值繳納房產(chǎn)稅。

注意：教育公司是產(chǎn)權(quán)人，但無租使用下政策明確“使用人納稅”，所以納稅義務(wù)主體是學(xué)校（而非教育公司）。

問題3：學(xué)校免稅身份及土地使用稅適用

學(xué)校是否為免稅單位：

民辦非營利性高校，若符合《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于教育稅收政策的通知》（財(cái)稅〔2004〕39號）中“對學(xué)校、幼兒園經(jīng)批準(zhǔn)征用的耕地，免征耕地占用稅。學(xué)校、幼兒園、托兒所自用的房產(chǎn)、土地，免征房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅”的“自用”條件（需產(chǎn)權(quán)或?qū)嵸|(zhì)自用），理論上屬于城鎮(zhèn)土地使用稅免稅單位。但問題1中產(chǎn)權(quán)在教育公司名下，學(xué)?！白杂谩钡男问揭嬉?，需結(jié)合地方執(zhí)行口徑判斷。

是否適用國稅地字〔1989〕140號：

國稅地字〔1989〕140號規(guī)定“免稅單位無償使用納稅單位的土地，免征土地使用稅”。若學(xué)校被認(rèn)定為“免稅單位”，且無償使用教育公司（納稅單位，因教育公司名下土地未免稅）的土地，則學(xué)校無需繳納土地使用稅；但教育公司作為納稅單位，其土地因“無租給免稅單位使用”，是否免稅需看政策：

教育公司土地用途是科教用地，若自身不滿足免稅條件（因產(chǎn)權(quán)未轉(zhuǎn)移至學(xué)校），但土地實(shí)際由學(xué)校（免稅單位）自用，部分地區(qū)稅務(wù)機(jī)關(guān)可能認(rèn)可“實(shí)質(zhì)免稅”（參照政策精神），但也可能因產(chǎn)權(quán)在教育公司名下，要求教育公司繳稅（形式重于實(shí)質(zhì)），實(shí)務(wù)中存在爭議。

整體建議

產(chǎn)權(quán)過戶：推動將房產(chǎn)、土地產(chǎn)權(quán)過戶至學(xué)校名下，直接滿足財(cái)稅〔2004〕39號“學(xué)校自用”的形式要件，一攬子解決免稅問題。

溝通稅務(wù)機(jī)關(guān)：若產(chǎn)權(quán)過戶困難，整理學(xué)?！皩?shí)質(zhì)自用”證據(jù)（如辦學(xué)協(xié)議、場地使用證明等），與主管稅務(wù)機(jī)關(guān)溝通，爭取認(rèn)可“實(shí)質(zhì)重于形式”，適用免稅政策。

合同優(yōu)化：若無租使用導(dǎo)致稅務(wù)爭議，可考慮調(diào)整為“租賃協(xié)議+財(cái)政補(bǔ)貼”模式（如教育公司收取象征性租金，學(xué)校申請補(bǔ)貼），清晰劃分納稅義務(wù)，降低稅務(wù)風(fēng)險(xiǎn)。

總之，核心矛盾是“產(chǎn)權(quán)主體與政策適用主體分離”，解決路徑要么調(diào)整產(chǎn)權(quán)，要么爭取稅務(wù)機(jī)關(guān)對“實(shí)質(zhì)自用”的認(rèn)可，同時(shí)結(jié)合學(xué)校免稅身份，合理規(guī)劃房產(chǎn)稅、土地使用稅的繳納與免稅申請。

祝您學(xué)習(xí)愉快！